鹅口疮的基本病因是口咽部念珠菌过度增殖引起，发病诱因与阴道念珠菌感染、免疫力降低、药物因素以及其他全身性疾病等有关。
1、阴道念珠菌感染
女性在分娩时若新生儿吞咽含有白色念珠菌的阴道分泌物可引起新生儿鹅口疮。
2、免疫力降低
免疫力降低后，婴儿及老年人更容易发生鹅口疮。部分医学治疗方法，如化疗、器官移植等情况也会抑制人体免疫系统，增加鹅口疮的患病风险。
3、药物因素
长期使用皮质类固醇、广谱抗生素类药物的人群容易导致口腔内菌群紊乱，从而诱发鹅口疮。
4、其他全身性疾病
如糖尿病、艾滋病等患者，在疾病没有得到很好控制时，会容易患鹅口疮。
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