有部分跖疣无需治疗也可以自行消失，如果长时间不能自行消失或者症状较为明显，则可以通过外用药治疗、物理治疗、系统用药治疗等方法处理。
1、外用药治疗
外用药破坏疣体是临床主要的治疗方法，常用的药物有水杨酸制剂、0.05%-0.1%的维a酸乳膏、5%的氟尿嘧啶软膏、干扰素凝胶以及5%的咪喹莫特软膏等。
2、物理治疗
较小的跖疣也可直接用物理方法治疗，比如液氮冷冻、脉冲染料激光、电灼、微波疗法、射频消融以及光动力疗法等，不同方法各有优缺点，可以在医生指导下选择合适的方法。
3、系统用药治疗
如果反复发作或较难治愈，也可以配合药物口服，比如硫酸锌口服溶液、西咪替丁片、维a酸片类药物等。
